한국해양대신문사 편제는 사장(총장 겸임), 주간교수, 간사, 편집국장, 부장, 정기자, 수습기자, 객원·전문기자로 구성됩니다. 세부적으로는 편집국 산하 취재부서와 지원부서로 나뉩니다.

취재부서에는 대학부와 사회문화부가 있으며 대학, 사회, 문화, 해양학술 등 4개 팀으로 구성됩니다. 지원부서에는 교육을 담당하는 교육부장과 논설위원, 객원기자 및 전문기자가 속하며, 정기자에 앞서 수습교육을 받는 수습기자들이 포함됩니다.